通過(guò)快速測(cè)序獲得新發(fā)、突發(fā)傳染病病原體的高質(zhì)量基因組序列對(duì)病原體致病機(jī)制研究、疾病溯源、疾病控制至關(guān)重要。FASTASeq 300支持自定義多個(gè)數(shù)據(jù)輸出的節(jié)點(diǎn)且最快可在19.5小時(shí)內(nèi)完成病原體基因組PE150測(cè)序，以更好地滿足用戶對(duì)檢測(cè)時(shí)效性和研究信息全面性的雙重需求。

為了評(píng)估FASTASeq 300在微生物de?novo組裝應(yīng)用上的表現(xiàn)，本次測(cè)評(píng)選擇了臨床常見致病菌——嗜肺性軍團(tuán)菌¹作為測(cè)試樣本構(gòu)建文庫(kù)，文庫(kù)分別在FASTASeq 300、GenoLab M和NV測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行PE150測(cè)序，均取100×數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。測(cè)評(píng)結(jié)果顯示，F(xiàn)ASTASeq 300測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量高、序列組裝結(jié)果與參考基因組具有較高一致性，其進(jìn)化分析與參考基因組能準(zhǔn)確聚類于同一分支。

測(cè)序數(shù)據(jù)高

FASTASeq 300測(cè)序數(shù)據(jù)Raw data Q20大于97%，Q30大于92%，Clean reads/Raw reads比值平均大于0.99，測(cè)序質(zhì)量表現(xiàn)優(yōu)異。

圖1. FASTASeq 300、NV和GenoLab M平臺(tái)測(cè)序質(zhì)量表現(xiàn)

組裝質(zhì)量好

與參考基因組序列進(jìn)行比對(duì)分析，結(jié)果表明FASTASeq 300測(cè)序數(shù)據(jù)在組裝質(zhì)量方面與對(duì)比平臺(tái)表現(xiàn)一致，Largest?Contig接近基因組全長(zhǎng)的1/3。

表1. 組裝結(jié)果評(píng)價(jià)指標(biāo)

組裝完整性高

BUSCO²和Circos³圖展示了FASTASeq 300測(cè)序數(shù)據(jù)組裝結(jié)果的高完整性和準(zhǔn)確性。

圖2. ?BUSCO 組裝結(jié)果和Circos 基因組完整性分析結(jié)果圖

進(jìn)化分析

基于FASTASeq 300測(cè)序數(shù)據(jù)組裝的基因組序列及其22同種不同株的基因組序列構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹，結(jié)果顯示FASTASeq 300測(cè)序數(shù)據(jù)組裝的基因組序列結(jié)果與參考基因組能準(zhǔn)確地聚類到進(jìn)化樹同一分支。

FASTASeq 300在微生物基因組de?novo組裝應(yīng)用方向上性能優(yōu)異，其快速、靈活、準(zhǔn)確的特性可很好地滿足病原體全基因組測(cè)序的要求。未來(lái)FASTASeq 300將助力更多微生物組學(xué)領(lǐng)域的科學(xué)研究和臨床應(yīng)用。

更多精彩測(cè)評(píng)，敬請(qǐng)期待！

1. 嗜肺性軍團(tuán)菌（Legionella pneumophila）：全基因組大小約3.4 Mb，GC含量38.3%，是一種廣泛存在于自然界中的機(jī)會(huì)致病菌，能引起以發(fā)熱和呼吸道癥狀為主的疾病。

2. BUSCO組裝評(píng)價(jià)：使用相近物種之間的一些保守序列構(gòu)建單拷貝基因集數(shù)據(jù)庫(kù)，與組裝結(jié)果進(jìn)行比對(duì)，從組裝結(jié)果比對(duì)上的比例、完整性，來(lái)評(píng)價(jià)組裝結(jié)果的準(zhǔn)確性和完整性。

3. Circos組裝評(píng)價(jià)：采用Circos軟件對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行分析，通過(guò)組裝圖譜的形式直觀地表現(xiàn)出組裝數(shù)據(jù)對(duì)參考基因組覆蓋程度。